第一届
中华医学会云南分会成立于1937年8月25日（时称中华医学会昆明分会），会员共93人；第一届理事会选举姚寻源为会长，赵士卿为副会长。

第二届
1940年8月召开第二届理事会，选举缪安成任会长。

第三届
1951年10月13日召开了建国后第一次即第三届常务理事会，选举王抗博任会长。会后恢复了停滞多年的学会工作，会址设在云南省卫生厅内。

第四届
1954年12月12日召开了第四届常务理事会议，选举张其榜为会长，杜(芬+木)、郑玲才、周之凤为副会长。

第五届
1956年12月12日召开了第五届常务理事会议，选举钟期担任会长，张其榜、梁家椿、孙建毅、徐彪南任副会长，郑玲才、邹子度为秘书长。

第七届
1961年11月召开第七届常务理事会议，选举曾育生为会长，张其榜、郭光华、杜（芬+木）、徐彪南、戴立三、吴佩衡、梁家椿、孙建毅、苏树言、郑玲才、邓尊六、姚贞白、曹依秀为副会长，郑玲才兼任秘书长，周端甫后任专职秘书长。此时，云南的医药、防痨、解剖等学会联合组成"云南医药卫生学会"。1963年，医药卫生学会解体，中华医学会云南分会独立活动，曾育生续任会长，下设9个专科学会,会员400余人。
1966年至1976年，学会活动被停止。1978年11月经中共云南省委批准，恢复中华医学会云南分会。曾育生担任会长，郭光华、郑翰才、张其榜、蒋家竹、杜（芬+木）、徐彪南、苏树言、郑玲才、秦作梁、蓝瑚、邓尊六、于兰馥为副会长，郑玲才兼任秘书长，下设14个专科学会，老会员重新登记，共439人。与此同时，全省17个地、州、市分会相继恢复和成立。

第八届
1984年10月，分会召开第八届全省会员代表大会，选举曾育生为名誉会长，蒋家竹为会长，郑玲才、蓝瑚、张星焕、于兰馥、周克敏为副会长，宋永强为专职秘书长。此时，会员有3614人。1986年2月，蒋家竹因工作调动，常务理事扩大会议推选吴坤仪继任会长。1987年5月宋永强秘书长离休，田敬国接任专职秘书长。
1987年，云南分会为使学会更好地适应全省卫生事业发展的需要，在省政府、省卫生厅、省科协的直接关怀领导支持下，由省编制委员会定编23名学会专职干部，其中具有高级技术职称4人，中级技术职称10人。成为省级全额拔款的卫生事业单位。同时， 由省政府拔款修建办公场所500平方米及职工住宅860平方米。大大地改善了学会的办公、活动场地和专职干部的生活待遇。

第九届
1989年12月6日，分会召开了第九届会员代表大会，386名正式代表和60名特邀代表出席会议。选举蓝瑚为名誉会长，吴坤仪为会长，任国钧、李主一、况铣、陈圣邦、张连元、周克敏、梁立权为副会长，田敬国为专职秘书，涂鉴森为专职副秘书长的新领导班子。1989年，发展会员10986人，专科学会36个。1993年6月，吴坤仪会长因工作调动，杨慈生厅长继任会长。

第十届
1995年12月27日召开了第十届全省会员代表大会，335名代表出席会议。选举兰瑚为名誉会长，杨慈生为会长，田敬国任常务副会长（兼秘书长），副会长有叶浩、李主一、李雄、张炳彦、陈圣邦、罗尧生、明庆华、李淮、赵旭东、梁立权，后由于单位行政领导换届原因，按常务理事会组建规定，吴殿源、杨达宽、万立人、兰炳炎、冯忠堂先后接任副会长。1995年，会员有15500人，专科学会36个。1999年6月田敬国秘书长退休，涂鉴森接任秘书长。

第十一届
2001年11月26日至28日召开了第十一届全省会员代表大会，大会正式代表共349名。选举杨慈生为名誉会长，尧挥彬为会长，副会长有尹曰葵、兰炳炎、冯忠堂、杜克琳、吴殿源、林世杰、杨达宽、赵旭东、涂鉴森；秘书长：把志刚；副秘书长：舒芳。2001年，会员有21000人，专科分会43个，团体会员单位71个。